比萨圣安娜大学的前身，最早可以追溯到16世纪的费迪南多一世学院（Collegio Ferdinando I）。此外，该校还与建立于17世纪的普特阿诺学院（Collegio Puteano）和康维特青年教育学校（Scuola Convitto Per L’Educazione Delle Giovani）有着深厚的历史渊源。

成立于上世纪40年代末的比萨高等师范学校的医学和法律部门，于1967年转变为比萨大学的高等研究中心（Scuola Superiore di Studi Universitari e di Perfezionamento）。并最终由1987年2月14日第41条意大利国家法律规定，正式成立了比萨圣安娜大学。

比萨圣安娜大学不仅强调跨专业、国际化的科学研究，同时注重创新技术的实际应用。自1990年以来，比萨圣安娜大学作为spin-off企业的孵化器，推动了技术在生产中的运用。截至2006年底，已经培养了17个新兴自主创业公司，对于比萨区的高科技规模经济起到了举足轻重的作用。这17个公司的创立、与工业紧密合作的研究中心的建构、以及Pontedera的Polo Sant’Anna Valdera科学园地的成立，是学校致力于技术应用的最突出的表现。

社会科学学院

社会科学学院提供以下课程的研究生和本科课程：

经济与管理，法，政治学。

实验科学学院

实验科学学院提供以下课程的研究生和本科课程：

农业科学与生物技术，医学科学，工业和信息工程。

该校的精英办学模式源于拿破仑所创立的高师系统，致力于应用科学研究，与面向理论科学的比萨高等师范学校（Scuola Normale Superiore）交相辉映。比萨圣安娜大学、比萨高等师范学校和比萨大学（Università di Pisa），共同构成了比萨大学系统（Pisa University System），使比萨成为在教育和研究创新领域享有国际影响力的城市。

作为一所精英学院，比萨圣安娜大学的本科生教育依托于比萨大学，然而在入学考试、成绩评定和毕业审核等方面，均有比普通大学更高的标准。同时，作为一所研究型的大学，它更注重博士生的培养，以满足科学创新的需求。意大利只有两所大学拥有独立颁发博士学位的资格，分别就是比萨高等师范学校和比萨圣安娜大学。另外，它们所颁发的博士学位称谓（Perfezionamento）也有别于其他大学的博士学位称谓（Dottorato），在意大利是比一般的博士学位更高的学位。

比萨圣安娜大学的研究活动依托于实验室、研究中心和科学园地。其14个实验室和研究中心分布于比萨市区的主校区、工业重镇Pontedera的Polo Sant’Anna Valdera校区、Volterra的国际教育学院以及比萨意大利国家研究院（Consiglio Nazionale delle Ricerche）。