国立清华大学成立于民国前一年（1911年），校址为北平西郊的清华园，最初名称为清华学堂。1914年冬天，梁启超先生来校演讲，引述易经中天行健君子以自强不息，地势坤君子以厚德载物勉励同学以君子自期，自此以后自强不息，厚德载物便成为清华的校训。 1928年，学校校名正式定为国立清华大学。对日抗战爆发后，迁校昆明，与北京大学、南开大学合组为西南联合大学，胜利后复员北平。1956年在梅贻琦校长主持下又在台湾新竹建校。

国共内战后，清华大学被分成两个，北京的清华大学由中华人民共和国政府接管，而台湾当局则于1955年于台湾省新竹市让清华大学复校，复校之初首设原子科学研究所。

学校毕业校友活跃各界，尤其在学术界，前后共有三位诺贝尔奖得主及一位数学伍尔夫奖得主为清华校友，足见清华光荣的历史传统与优良的学风。 清华大学复校初期重点为原子科学，其后则扩展至理工方面，近十几年来更积极发展人文社会、生命科学、电机资讯与科技管理；渐渐地，清华已成为一文、理、工均衡发展的学府。 2011年韦博世界大学排名在名列264位。台湾第四位。

1、理学院：

数学系

物理学系

化学系

天文研究所

统计学研究所

2、工学院：

动力机械工程学系

化学工程学系

材料科学工程学系

工业工程与工程管理学系

纳米工程与微系统研究所

生物医学工程研究所

3、生命科学院：

生命科学系

医学科学系

生物科技研究所

分子医学研究所

分子与细胞生物研究所

生物资讯与结构生物研究所

系统神经科学研究所

4、电机资讯学院：

资讯工程学系

电机工程学系

通讯工程研究所

资讯系统与应用研究所

电子工程研究所

5、人文社会学院：

中国文学系

外国语文学系

历史研究所

语言学研究所

人类学研究所

社会学研究所

哲学研究所

台湾文学研究所

6、原子科学院：

工程与系统科学系

生医工程与环境科学系

核子工程与科学研究所

7、科技管理学院：

计量财务金融学系

经济学系

科技管理研究所

科技法律研究所

服务科学研究所

位于新竹的清华大学与位于北京的清华大学渊源深厚，在清华大学新竹校区内，有一北京清华二校门的等比例缩小复制品，象徵两校之间的一脉相承。新竹清华与北京清华有「一笔写不出两个清华」的说法。现更合作提供MOOC课程、学术访问制度以及双联学位课程，未来将朝向更紧密合作的方向前进。